Образовательные учреждения могут быть государственными, муниципальными и частными. Право на образовательную деятельность появляется у учреждения после получения лицензии.
Особенности отнесения деятельности негосударственных образовательных учреждений к предпринимательской установлены Законом об образовании.
Негосударственное образовательное учреждение вправе взимать плату с обучающихся, воспитанников за образовательные услуги, в том числе за обучение в пределах государственных образовательных стандартов. Взаимоотношения негосударственного образовательного учреждения и обучающегося, воспитанника, его родителей (законных представителей) регулируются договором, определяющим уровень образования, сроки обучения, размер платы за обучение, иные условия.
Средства, получаемые налогоплательщиками за оказание услуг за плату, в том числе негосударственными образовательными учреждениями, являются доходами от реализации и учитываются при определении базы по налогу на прибыль организаций в порядке, определенном главой 25 НК РФ.
Порядок учета налогоплательщиком доходов и расходов для целей налогообложения прибыли определяется в соответствии с избранным организацией методом учета доходов и расходов.
Для организаций, применяющих метод начисления, порядок признания доходов и расходов для целей налогообложения установлен ст. 271 и 272 НК РФ.
При методе начисления доходы признаются в том отчетном (налоговом) периоде, в котором они имели место, независимо от фактического поступления денежных средств, иного имущества (работ, услуг) и (или) имущественных прав.
Деятельность по оказанию услуг в сфере образования по проведению некоммерческими образовательными организациями учебно-производственного или воспитательного процесса не облагается НДС. При этом согласно подп. 14 п. 2 ст. 149 НК РФ от налогообложения освобождаются услуги, связанные с проведением учебно-производственного процесса по направлениям основного и дополнительного образования, указанным в лицензии. Консультационные услуги и услуги по сдаче в аренду помещений облагаются НДС.
В случае, когда организация осуществляет несколько видов деятельности, как облагаемых НДС, так и освобождаемых от налогообложения, она должна вести раздельный учет операций, подлежащих и не подлежащих налогообложению (п. 4 ст. 149 НК РФ).
Негосударственные образовательные организации должны составлять счета-фактуры. Согласно п. 3 ст. 169 НК РФ налогоплательщик обязан составлять счета-фактуры, вести журналы учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж при совершении операций, признаваемых объектом обложения НДС, в том числе не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) в соответствии со ст. 149 НК РФ. Поскольку НОУ оказывают услуги конкретным лицам, счета-фактуры они должны выписывать на каждого конкретного покупателя таких образовательных услуг (ст.168 НК РФ). При этом составление счетов-фактур и регистрация их в книге продаж должны производиться в том налоговом периоде, в котором состоялась реализация этих образовательных услуг.