Отсутствие счетов-фактур в одном налоговом периоде, независимо от количества, влечет взыскание штрафа в размере 10 000 рублей.
В Письме N 03-02-07/1/79228 от 14 октября 2019 г. Минфин России подтверждает, что регулярное (больше, чем два раза в год) отсутствие счетов-фактур, а также первичных документов и регистров бухгалтерского или налогового учета приведет к наложению штрафного взыскания по статье 120 НК РФ в размере 10 тыс. руб. при условии, что та или иная организация совершает такое деяние в рамках одного фискального периода, и это деяние не занижает налоговую базу.
Для применения НДС-вычета обязательным условием является наличие счета-фактуры. В этой связи, если, например, организация, несмотря на отсутствие счета-фактуры, применила вычет по НДС, то в данном случае нарушение, как отсутствие счета-фактуры, имеет признаки явного налогового нарушения, а организации грозит штраф на сумму 20% от исчисленного налога, но не менее 40 тыс. руб.
Таким образом, факт отсутствия счетов-фактур грозит организации штрафом в сумме 10 тыс. руб., если данная организация совершила такое деяние в рамках одного квартала и ею соблюдены обязательные условия для применения вычета по НДС.