В случае отказа организации от освобождения от НДС операция по реализации квартиры работнику подлежит обложению НДС.
Минфин РФ в Письме № 03-07-14/80640 отметил, что в случае отказа организации от освобождения от налога на добавленную стоимость, операция по реализации квартиры работнику подлежит налогообложению налогом на добавленную стоимость в общеустановленном порядке.
Так, в соответствии с подпунктом 22 пункта 3 статьи 149 НК РФ не подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость операции по реализации жилых домов, жилых помещений, а также долей в них. Квартира относится к жилым помещениям на основании подпункта 2 пункта 1 статьи 16 Жилищного кодекса Российской Федерации, соответственно, операция по реализации квартиры освобождается от налога на добавленную стоимость.
При этом согласно пункту 5 статьи 149 НК РФ налогоплательщик вправе отказаться от освобождения от налогообложения налогом на добавленную стоимость при осуществлении операций по реализации товаров (работ, услуг), предусмотренных пунктом 3 статьи 149 НК РФ.
Таким образом, если организация отказывается от освобождения от налога на добавленную стоимость, то при реализации квартиры работнику организация обязана предъявить ему к оплате сумму налога на добавленную стоимость дополнительно к стоимости квартиры.