При необходимых для принятия решения 226 голосах документ поддержали 237 депутатов. Против проголосовали 43, воздержавшихся не было.
Согласно принятым к законопроекту поправкам, рекомендованным банковским комитетом Госдумы, был сокращён перечень организаций и сделок, подлежащих контролю со стороны уполномоченного органа. Из списка были исключены операции с недвижимым имуществом (вероятно, потому, что это единственная сфера, в которой МНС успешно контролирует крупные сделки). Кроме того, из текста проекта исчезли преступления, предусмотренные статьями 193, 194, 198 и 199 Уголовного кодекса: уклонение от уплаты налогов и сборов, таможенных платежей и невозвращение из-за границы валютной выручки. На исключении налоговых преступлений из документа изначально настаивал глава бюджетного комитета Госдумы Александр Жуков, мотивируя это тем, что в данных преступлениях участвуют средства, полученные в качестве законного бизнеса.
Уполномоченный орган, который должен будет следить за соблюдением закона, когда он вступит в силу, не будет иметь права собирать информацию о физических и юридических лицах. В его обязанности будет входить сбор информации только о конкретных сделках. Под контроль уполномоченного органа будут попадать все сделки физичских и юридичесих лиц на сумму свыше 600 тысяч рублей.
На третье чтение законопроекта депутаты оставили переписывание статей, которые касаются механизма внутреннего контроля и фиксации «необычных сделок». По словам председателя банковского комитета Госдумы Александра Шохина, в существующей редакции эти статьи могут привести к такому неприятному явлению, как доносительство.